L'abbaye fut fondée dans ce contexte, et sur le modèle de celle d'Aurillac, par une charte rédigée à Bourges le 11 septembre 909 ou 9104, par le comte de Mâcon, Guillaume Ier, duc d'Aquitaine et comte d'Auvergne, qui la plaça sous l'autorité immédiate du pape5. Le comte octroya une villa située près de Mâcon à Bernon, abbé de Baume-les-Messieurs et de plusieurs monastères dans la région. Ce fut ce dernier qui choisit le site de Cluny et construisit les premiers bâtiments conventuels avec l'aide de douze moines des abbayes de Gigny et de Baume6,n 2. L'abbaye fut reconnue comme chef d'ordre par le pape Jean XI, sous l'abbatiat d'Odon en 931. Guillaume renonça à tous ses droits sur Cluny et permit à l’abbé d'être choisi par les moines. Il plaça la communauté monastique sous le patronage des apôtres Pierre et Paul de Tarse ; Cluny passa sous la protection directe du pape (Serge III) à l'époque. Ce fut une abbaye immunitaire, c'est-à-dire qu'elle était indépendante à la fois de l'évêque et des seigneurs de la région, et elle ne devait obéissance qu'au pape. Cet élément joua un grand rôle dans le développement de l'abbaye. Lors de la fondation, le comte imposa enfin le respect de la règle bénédictine et attendit que les moines priassent pour son salut : « Je fais ce don stipulant qu'un monastère régulier devra être construit à Cluny […], dont les moines vivront en communauté selon la règle du bienheureux Benoît. […] Que soit ainsi établi en cet endroit un asile de prières où s'accompliront fidèlement les vœux et les oraisons. Que soit ainsi recherché et poursuivi, avec une volonté profonde et une ardeur totale, le dialogue avec le ciel. Que des prières, des demandes et des supplications y soient sans cesse adressées au Seigneur tant pour moi que pour tous ceux dont j'ai précédemment évoqué la mémoire5. »