L’immense enceinte intérieure de la Tour fut ajoutée par Henri III à partir de 1220, pour en améliorer la défense. La promenade des remparts (Wall Walk) permet de visiter ses parties est et nord, ainsi que les tours qui les jalonnent. Partant de Salt Tower, on passe par Broad Arrow et Constable Towers qui accueillent des expositions sur les armes et la révolte des paysans (1381). Ensuite, Martin Tower servit d’écrin aux joyaux de la Couronne de 1669 à 1841. Le long du rempart nord, Brick Tower rappelle que la ménagerie royale eut parmi ses pensionnaires un ours polaire qui, bien qu’attaché, pouvait nager et pêcher dans la Tamise. Enfin, Bowyer Tower présente le duc de Wellington et la Flint Tower, le rôle de la Tour de Londres durant la Première Guerre Mondiale.

Le 17 mars 1554, Élisabeth fut emprisonnée par la reine Marie et transportée par barge jusqu'à la Tour de Londres. Elle accosta à la Porte des Traîtres, la même porte par laquelle sa mère, Anne Boleyn, avait été conduite à la Tour pour y trouver la mort.

Il pleuvait, mais lorsqu'Élisabeth arriva aux marches de pierre menant à la Tour, elle s'assit et refusa de bouger. « Mieux vaut rester ici qu'ailleurs, car Dieu sait où vous m'emmènerez », dit-elle.

Élisabeth fut captive dans la Bell Tower pendant deux mois. Ce fut une période pénible, sa prison se trouvant juste au-dessus du Tower Green, lieu de l'exécution d'Anne Boleyn. Les dames de la cour d'Élisabeth fournirent des tapisseries pour les murs et du bois pour la cheminée (en ces hivers rigoureux), et son entourage préparait les repas afin d'éviter tout empoisonnement. Pour se dégourdir les jambes, Élisabeth marchait sur le chemin de ronde des remparts.

Le 19 mai, jour de l'exécution d'Anne Boleyn, Élisabeth écrivit : « Cette nuit, je pense mourir. » Au lieu d'être exécutée sur la pelouse de la Tour de Londres, Élisabeth fut libérée et assignée à résidence dans un manoir délabré, à quelque distance de Londres.

Élisabeth retourna à la Tour de Londres en 1559 pour son couronnement comme reine d'Angleterre. Elle participa à un cortège fastueux qui la mena de la Tour de Londres à l'abbaye de Westminster.