Le Fort l'Ecluse s'accroche aux pentes de la rive nord-ouest de la gorge creusée par le Rhône à travers les roches calcaires du Jura. Par-là s'écoulent les eaux du Léman vers la Méditerranée. Axe de communication naturel entre la France et le plateau helvétique, le défilé de la Cluse a de tous temps joué un rôle essentiel.

A l'origine, le Pas de la Cluse est déjà un passage stratégique...Redoutant que les Helvètes ne pénètrent en terre romaine, Jules César fait construire un remblai de terre de 28 km de long, défendu par un profond fossé. Cette fortification linéaire appelée "le mur de César" s'étire au long du Rhône, de Genève à la montagne du Vuache, en face du site actuel du fort. Une maison forte est construite par le sire de Gex au 13e siècle sur la rive nord du Pas de la Cluse. D'importants travaux sont entrepris pour la renforcer à la fin du 15e siècle.

Après les sièges successifs des Bernois et des Genevois au 16e siècle, le fort s'agrandit au 17e siècle. Une première enceinte, puis une tour sont construites sur les principes de la fortification bastionnée issus de la Renaissance italienne et commandés par les perfectionnements de l'artillerie.

Au cours du 18e siècle, les ingénieurs du génie formés aux théories de Vauban s'activent au chevet du fort. Ils en reconnaissent tous les faiblesses. La falaise à laquelle il s'accroche empêche tout agrandissement. "Ce n'est qu'un nid d'hirondelle appliqué contre le rocher" conclut l'ingénieur d'Arçon…Les combats entre Français et Autrichiens en 1814 prouvent le bien-fondé d'une protection sur les hauteurs. Une caserne défensive au-dessus du vieux fort est décidée en 1832. Plus de dix ans sont nécessaires pour couronner la montagne de cet imposant ouvrage…