En 1551, c'est Diane de Poitiers, favorite du roi Henri II, qui acquiert le château; mais l'on se rend compte que la vente initiale, intervenue durant la minorité des enfants de Marie de Beaune, est contraire au droit et, au terme d'un procès, Diane de Poitiers doit le restituer à Jacques et Philippe Hurault, par acte du 25 février 1564, moyennant le paiement de 35 000 livres.

Le domaine échoit à Philippe; sa mère, Marie de Beaune, qui s'installe, après la cession de Cheverny, à la Morelière, une maison toute proche dans le domaine forestier, puis dans la demeure familiale de Blois, meurt en 1567, laissant une belle fortune et ayant assisté à la réhabilitation de son époux au motif que « le Roy avoit esté mal servy et trompé en celles de feu Hurault ».

En 1577, les terres sont érigées en vicomté, puis, en 1582, en comté. Philippe Hurault de Cheverny, fidèle courtisan de Catherine de Médicis et d'Henri II, est garde des sceaux puis remplace Birague en tant que chancelier de France. Cependant, son rôle important dans les négociations avec la Ligue détermine le roi Henri III à prononcer sa disgrâce, peu après la Journée des barricades, et à l'assigner dans sa résidence de Cheverny. Après avoir conservé le fil des intrigues politiques, tant auprès des ligueurs que des protestants, il retrouve, en 1590, les sceaux des mains d'Henri IV (Henri de Navarre).

En 1596, il cède le domaine de Cheverny à son fils Henri Hurault, qui, près de vingt ans auparavant, avait été porté sur les fonts baptismaux par Henri d'Anjou, Henri de Navarre et Catherine de Médicis. Il a épousé, à l'âge de treize ans, une jeune fille de grande famille, Françoise Chabot, fille du Grand écuyer de France, le baron de Charny, mais celle-ci continue de demeurer auprès de ses parents. De caractère impétueux, vif et parfois colérique, il suit Henri IV et ses armées, reconnu par le souverain comme de bon conseil.