Les chanoines entouraient et assistait l’évêque. Avec à leur tête un prévôt, ils forment le Chapitre. La première mention d’un Chapitre à Fréjus date de 1038. Jusqu’au début du XIIème siècle, le Chapitre de Fréjus, composé de 12 chanoines et dirigé par un prévôt reste sous la tutelle étroite de l’évêque dont il partage à la fois les revenus et le logement. Après des désaccords, un arbitrage sépare les biens des deux partenaires. C’est à la suite de cela que les chanoines choisissent de s’installer au nord de la cathédrale et c’est à cette époque que sont aménagées les galeries du Cloître. Il servait de parvis à la Cathédrale. Dans le mur oriental de la galerie on remarque la trace de la porte médiévale de la Cathédrale ; elle est aujourd’hui murée ainsi que l’oculus qui la surmonte.

Au rez-de-chaussée des colonnettes doubles de marbre reçoivent la retombée des arcs brisés. Colonnettes en marbre de Carrare, taillées dans l’ancien podium de l’Amphithéâtre, ou colonnes en marbre de Gênes, ville qui entretenait des rapports commerciaux intenses avec Fréjus. Ces chapiteaux présentent une version simplifiée du classique chapiteau corinthien. Au sud une salle capitulaire établie au-dessus du vestibule de la Cathédrale accueillait les chanoines lors de leurs délibérations.

Une voûte en pierre était prévue pour couvrir les galeries. Quelques traces d’ancrages sont encore visibles. Certainement trop lourde, elle fût remplacée au milieu du XIVème siècle (1350) par une charpente de mélèze, apprécié pour sa plasticité et réputé imputrescible, de la forêt de Boscodon dans les Hautes-Alpes. Chacun des caissons de cette charpente a reçu un décor peint. La présence de la fleur de Lys, sur un des caissons, ne peut être antérieure à 1246, date à laquelle Charles 1er d’Anjou, frère de Saint-Louis, devient Comte de Provence.1200 caissons peints dans les 4 galeries du Cloître, ont été réalisé. Actuellement 400 sont encore visibles. Les thèmes en sont variés : des êtres hybrides, des monstres, des Saints, des bustes, des scènes de la vie quotidienne, des ecclésiastiques…Cet ensemble est un exemple exceptionnel de décor peint du XIVème siècle, unique dans un Cloître en France.