Selon la Tradition, Marie Madeleine fut expulsée de Palestine avec plusieurs disciples lors des premières persécutions contre les chrétiens après la Pentecôte. Embarqués sur une barque sans voile ni gouvernail, ils débarquèrent miraculeusement sur les rivages provençaux, à un endroit qui fut ensuite nommé Les Saintes-Maries-de-la-Mer et devinrent les premiers évangélisateurs de la Provence. « Marie Madeleine prêcha à Marseille en compagnie de Lazare puis elle s’établit dans cette montagne escarpée, dans la grotte qui depuis porte son nom. Telle la bien-aimée du Cantique des Cantiques, « colombe cachée au creux du rocher, en des retraites escarpées », elle put s’adonner à la prière et à la contemplation dans la solitude ».

Vers 415, saint Jean Cassien, fonde un premier prieuré à son retour d’Égypte et dès le Ve siècle, la présence de moines de l’abbaye de Saint-Victor de Marseille est attestée.

La grotte de Sainte-Marie-Madeleine devient un lieu de pèlerinage chrétien réputé. En 816, le pape Étienne VI, puis, en 878, le pape Jean VIII s'y rendent. Comme le 22 juillet 1254, Saint Louis visite la Sainte-Baume à son retour de Croisade.