Au Moyen-Age, l'abbaye avait un groupe de scribes qui recopiaient des textes religieux et profanes issus d'autres abbayes et contribuaient ainsi à la constitution de la Bibliothèque du monastère. Celle-ci était nécessaire pour la vie liturgique et culturelle des moines.

En outre, certains moines réalisaient les opérations complémentaires pour la confection d'un manuscrit: fabrication du parchemin, de l'encre, des couleurs pour les enluminures puis au final la reliure.

Les enluminures de ces ouvrages peuvent d'ailleurs être parfois rapprochés des sculptures des chapiteaux du Cloître.

Ce sont ces manucrits qui ont permis la transmission non seulement des écrits religieux mais aussi des documents historiques de leur époque et des textes issus de l'Antiquité Grecque et Romaine. Certains manuscrits permettent aussi de reconstituer la musique médiévale, en particulier le Chant Grégorien.

En 1678, Colbert, le ministre de Louis XIV a fait acheter les manuscrits de la Bibliothèque de l'Abbaye. Il sont maintenant conservés à la Bibliothèque Nationale de France (BNF) à Paris. Certains de ces manuscrits sont des des XIème et XIIème siècles.